A história do EMDR no Brasil está profundamente entrelaçada com a história da chegada desse modelo inovador de terapia na América Latina, em países de língua espanhola, pelas mãos de uma psicóloga brasileira, Esly Regina de Souza Carvalho. Esly foi exposta à sua primeira sessão de EMDR, como paciente em 1995, enquanto ainda morava em Colorado Springs, nos Estados Unidos. Ficou tão impressionada com o método e seus resultados, diferente de tudo o que conhecia, que em seguida fez a formação como terapeuta em Denver pelo EMDR Institute, em 1996 e 1997, onde estudou com a própria Francine Shapiro, criadora do EMDR e, até então, a única a habilitar terapeutas no Nível 2.
Nessa mesma época, Esly e outros dois colegas terapeutas, John Hartung e Michael Galvin, durante um encontro para o café da manhã em um restaurante em Colorado Springs, onde os três viviam, expressaram, pela primeira vez, o sonho de promover e impulsionar um movimento de Terapia EMDR na América Latina.
Em 1998, Esly Carvalho e seu marido foram transferidos para Quito, Equador, cidade onde ela começou então a trabalhar para desenvolver o EMDR. Em 1999, convidou John Hartung para dar a formação em espanhol no país andino, junto com Ligia Barascout, da Guatemala, que nessa época ainda atuava como facilitadora. A base desses treinamentos deu origem à associação equatoriana de EMDR (Asociación Ecuatoriana de Psicotrauma y EMDR). Há quase 500 terapeutas de EMDR atuando naquele país.
Durante o período em que viveu no Equador, Esly e seus colegas trabalharam para difundir o método em outros países como Peru, Costa Rica, Panamá, Venezuela, entre outros. Em paralelo ao trabalho de Esly Carvalho no Equador, a argentina Graziela Rodriguez (EMDR Institute) visitou o Brasil por diversas vezes, oferecendo, em 1997, o primeiro curso no país, porém, realizado em espanhol organizado pelo Dr. Carlos Rabinovitch.
Em 2004, ainda vivendo nos EUA e representando o EMDR Institute, Esly Carvalho deu o primeiro curso de formação em EMDR em língua portuguesa, no Rio de Janeiro. Em 2005, o curso ocorreu também em São Paulo, Brasília e Curitiba. Dois anos depois, em 2007, foi aberta a primeira turma do curso de formação em Porto Alegre. De forma, gradual, crescia o número de cidades onde era oferecido o treinamento. Atualmente, a formação ocorre em mais de 15 cidades brasileiras, sendo que em algumas delas acontecem edições anuais do curso. Em 2016, quase dois mil profissionais já haviam recebido o título de Terapeuta EMDR no Brasil.
Em 2007, com a colaboração de John Hartung, um grupo de trainers latino-americanos formado por Ignacio Jarero(México), Lucina Artigas (México), Maria Elena Aduriz (Argentina), Ligia Barascout (Guatemala) e Esly Carvalho (Brasil) decidiu fundar a EMDR Iberoamérica. Esly assumiu a responsabilidade de tocar a iniciativa e convidou os psicólogos brasileiros André Monteiro e Ricardo Teixeira para apoiar e participar do I Congresso Ibero-americano de EMDR. Esly e André foram os co-organizadores do evento, quando foi formalmente fundada a EMDR Iberoamérica. Mais de 180 pessoas participaram dos seminários, representando mais de 13 países. Durante a Assembleia de Fundação, Esly Carvalho foi eleita a primeira presidente da entidade e Ignacio Jarero (Nacho) e María Elena Aduriz integraram a diretoria. Poucos anos depois, com a saída de Nacho, a diretoria foi expandida para incluir a Santiago Jácome (Equador), John Hartung (EUA) e André Monteiro (Brasil). Reeleita presidente no II Congresso Ibero-americano de EMDR (Quito, 2010), Esly Carvalho entregaria o posto durante o III Congresso IBA EMDR, ocorrido na Costa Rica (2013), com a presença de Francine Shapiro e Robbie Dunton. Santiago Jácome assumiu assim, na ocasião, a nova diretoria como presidente.
Ainda antes, em 2006, com Esly Carvalho residindo já no Brasil, o movimento do EMDR no país entrou numa nova fase, ganhando fôlego renovado. Naquele mesmo ano, Esly, passou a oferecer o curso de formação básica de EMDR também em Portugal, onde André Monteiro lhe acompanhou inicialmente como facilitador. Logo depois veio o convite para que Esly oferecesse a formação básica na Espanha. Enquanto o movimento seguia crescendo no Brasil, o mesmo ocorria na América Latina. Esly Carvalho, Ph.D. apoiou a organização da primeira turma na Costa Rica, onde eventualmente a terapeuta Gabriela Segura se tornou Full Trainer. O mesmo aconteceu na Venezuela, onde Esly Carvalho apoiou a organização da primeira turma de formação em Caracas, e passou a coordenação à Gabriela Segura. Em 2012, Esly Carvalho passou a coordenação de Portugal a André Monteiro, que se tornou trainer europeu, e passou a coordenar a formação básica naquele país desde então.
Depois de anos e esforços da EMDR Iberoamérica em implantar a formação básica na Bolivia, Esly Carvalho, Ph.D.ofereceu o primeiro curso apoiada pela Compassion International, em Santa Cruz de la Sierra. Eventualmente, Greg Rake assumiu a coordenação da formação básica na Bolívia, a partir do Projeto Martina, um programa inédito de treinamento de EMDR para terapeutas naquele país, junto com a Full Trainer Belen Roma, que é quem ministra a formação no Peru, com o apoio de Glenda Villamarin.
O ano de 2008 foi de muita expansão do EMDR no Brasil. Foi fundada a Associação Brasileira de EMDR, em Brasília, durante o Seminário Brasileiro de EMDR. André Monteiro foi eleito o primeiro presidente. Foi neste ano também que a EMDR Treinamento e Consultoria passou a formalizar os treinamentos, sendo a entidade organizadora dos cursos de formação no Brasil até o presente.
Reeleita em 2010, a diretoria da EMDR Brasil enfrentou uma série de dificuldades em 2011 e convocou eleições antecipadamente para evitar o fechamento da mesma por parte do presidente. Elegeu-se uma nova diretoria, Silvia Guz, que assumiu o posto de presidente a partir de 2012. Essa mesma diretoria permaneceu por dois mandatos, organizando duas edições de congressos nacionais, trazendo vários professores do exterior e publicando três importantes livros. À essa gestão reputa-se também o mérito de consolidar legal e estatutariamente a associação, passando o mandato à nova diretoria, que assumiu no inicio de 2016, com Sueli Azevedo à frente da presidência.